店舗毎に部門を設定しています。近々、新規出店や新業態への進出を予定しているので、部門コードを全面的に見直ししたいと思うのですが、「基本設定」の「部門設定」タブでは既存店舗の部門コードが変えられません。データ入力済みの部門のコードは変えられないのでしょうか?

「初期設定」>「コード変更」の「部門コードを変更する」を実行すれば、データ入力済みの部門のコードを変更できます。

※以下の作業はバックアップデータを確保した上で行うようにしてください。
   
【初期設定】-【コード変更】を選択します。
  「部門コードを変更する」にチェックして「次へ」をクリックします。
  「新コード」欄に新しい部門コードを設定して「完了」をクリックします。