使わなくなった科目があるので「初期設定-科目設定」を開き、「科目の使用」欄を「使用する」から「使用しない」に変更しようとしたのですが、グレーになっているため設定を変えられません。

 

「初期設定-科目設定」では、以下に該当する科目の「科目の使用」区分は変えられません。
「仕訳モニター」に、その科目を使った仕訳が存在する場合
「開始残高登録」で、その科目に残高が設定されている場合
「過年度残高登録」で、その科目に残高が設定されている場合

「初期設定-コード変更」を利用すれば、上記のいずれかに該当する場合でも「科目の使用」区分を「使用しない」に変更できます。
   

 
「初期設定-コード変更」を起動し、「科目の使用区分を「使用しない」にする。」にチェックして「次へ」をクリックします。
使わなくなった科目の「科目の使用」欄を「使用しない」に変更し、「置換科目」を選択して「完了」をクリックしてください。

入力済みの仕訳、開始残高、過年度残高は全て「置換科目」に置き換えられます。