[明細項目設定]で支給項目を追加作成しました。
その後に[支給控除一覧表]を印刷したところ、追加作成した項目が「支給額合計」より下に印字され、控除項目のようになってしまいました。



 
[支給控除一覧表]の項目は[明細項目設定]の通りに並びます。
[明細項目設定]で項目を追加すると、必ず一番最後に登録されます。
↑↓の矢印ボタンを使って適宜の位置まで移動させてください。