キーパー給与は専用のＵＳＢメモリ（ＡｉＯキーステーション）を挿入した状態で使用するとのことですが、パソコンの電源を切るときには取り外した方が良いのでしょうか？

ＡｉＯキーステーションを挿入したままパソコンの電源をＯＮ／ＯＦＦしても問題はありません。

尚、パソコンから取り外す場合は紛失する事のないよう十分ご注意ください。