「源泉徴収票等合計表」に「給与所得の源泉徴収票を提出する者」の人員が記載されていますが、具体的にどの社員をカウントしているかを確認する方法はありますか？

「年末調整−源泉徴収票等合計表」の「印刷設定」画面で「源泉徴収票提出者リスト」にチェックをすれば確認表が作成できます。